Polska odrodzona po I wojnie światowej potrzebowała wiedzy i umiejętności wielu swoich synów rozsianych po świecie. Wiedziano, że Jan Czo­chralski nie zapomniał o kraju rodzinnym, mimo wysokiego stanowiska w niemieckim przemyśle. Powrócił do Polski na zaproszenie Prezydenta, wybitnego chemika prof. Ignacego Mościckiego, i w 1929 r. objął posadę profesora na Wydziale Chemii Politechniki Warszawskiej. Otrzymał też jeden z pierwszych tytułów doktora honorowego Politech­niki. Po raz kolejny budował swój warsztat pracy - Zakład Metalurgii i Metaloznawstwa na Politechnice i Instytut Metalurgii i Metaloznawstwa, pracujący głównie dla Ministerstwa Spraw Wojskowych. Obie placówki naukowe wyposażono w najnowocześniejszą aparaturę. Prof. Czochralski zorganizował także Dział Metalurgiczny w Chemicz­nym Instytucie Badawczym (ChIB) w Warszawie, jednym z najbardziej liczących się w kraju samodzielnych instytutów badawczych, powołanym do opracowania metod wykorzystania bogactw surowcowych Polski przez polski przemysł. Obie nowocześnie wyposażone placówki wykonywały też, na zlecenie Ministerstwa Spraw Wojskowych, znaczące prace z za­kresu obronności kraju. Czochralski przejął również Instytut Badań Ma­teriałów Uzbrojenia.

W placówkach tych prof. Czochralski kontynuował badania podjęte w Niemczech. Nadal zajmował się pomiarami szybkości krystalizacji metali, własnościami elastycznymi, korozją metali i stopów w różnych at­mosferach gazowych.

Warto podkreślić, że w maju 1939 r. prof. Walter Gerlach (znany fi­zyk, ten sam, który później kierował rabowaniem Instytutu Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego w 1939 r.) uznał Instytut Czochralskiego za lepiej wyposażony od niejednej placówki niemieckiej, a przecież pokazano mu tylko część cywilną Instytutu. Napisał w swoim raporcie:,,(…) To, co obejrzałem w tym instytucie, należy do rzeczy najpiękniejszych, jakie kiedy­kolwiek oglądałem, a jakie w Niemczech można znaleźć najwyżej w instytutach badawczych przemysłu. Zawiera on wszelkie, jakie tylko można wymyślić, urządzenia do eksperymentów i środki pomocnicze dla czystego metaloznawstwa, dla chemii metali, dla fizyki metali i obróbki metali. Wydaje mi się, że jest to głównie instytut badawczy, ale uwzględnione jest również nauczanie; również dla tych celów dydaktycznych znajdują się pierwszorzędnej jakości środki pomocnicze i urządzenia. Na temat wielkości tego instytutu nie mogę się wypowiadać, ale oceniam, że jest on 4 razy większy niż ten nowy Instytut profesora Debye’a w Dahlem.”. Czochralski interesował, się też rozwojem gospodarczym Polski. Za­chowało się kilka prac z tego zakresu. Swoistą zagadkę stanowi natomiast hasło z zakresu ekologii - „proces Czochralskiego”, występujące w McGraw-Hill Dictionary ofScientific and Technical Terms (str. 408, ed. III, 1984), Czyżby nie obca mu była ekologia?

Przywieziony majątek zainwestował w polskim przemyśle i przezna­czał na cele społeczne. M.in. pomagał studentom, artystom i literatom, wspomagał muzea. Salony jego domu znane były, jako miejsce spotkań świata artystycznego Warszawy. Takie zresztą pozostały i podczas wojny, nabierając nowego znaczenia - dawały pomoc i oparcie arty­stom, którzy znaleźli się w szczególnie trudnej sytuacji. To tam m.in. powstała zamówiona przez Czochralskiego seria rzeźb A. Karnego, w tym portrety gospodarza salonu. Aktywnie uczestniczył w działalności Polskiego Towarzystwa Chemicznego, Stowarzyszenia Me­chaników Polskich, Stowarzyszenia Hutników Polskich. Jesz­cze przed wojną usiłowano ukazać Jana Czochralskiego, jako uzurpatora na katedrze Politechniki i wroga Państwa Polskiego. Relacje prasowe z procesów wygranych przez Profesora wskazują jednak na głębokie po­czucie więzi z Narodem i służebną wobec Niego postawę wykazaną w wielu podjętych działaniach.

Jan Czochralski powrócił też do rodzinnej Kcynii, gdzie żyła jesz­cze jego matka. Wypełnił więc młodzieńczą zapowiedź - był sławny i bogaty, ale nie zapomniał, skąd wywodził się jego ród. W Kcynii miał swój drugi dom. Żywo interesował się także tym, co doty­czyło okolic rodzinnych; wspomagał zarówno badania archeologicz­ne, jak i poszukiwania geologiczne złóż ropy naftowej.