Druga wojna światowa przerwała działalność naukową Profesora i stała się dla niego szczególnym doświadczeniem. On, Polak i niegdysiejszy znany obywatel pruski, żonaty z Niemką, podlegał szczególnym naciskom ze strony Niemców, którzy chcieli w nim widzieć pośrednika między wła­dzami okupacyjnymi a Polakami. Postawa Czochralskiego była jedno­znaczna - współpracy nie podjął. Natomiast swoją znajomość Niemców wykorzystał inaczej. Już zimą 1939 roku zorganizował, na prośbę pra­cowników swojego Instytutu, placówkę o charakterze usługowym - Za­kład Badań Materiałów. Zakład ten tworzony za wiedzą i zgodą ówczesnego rektora zlikwidowanej Politechniki prof. K. Drewnowskie­go, był zapewne formą eksperymentu. Była to próba ratowania pracowni­ków uczelni, podjęta przez osobę, która bez specjalnego ryzyka mogła sprawdzić, czy Niemcy zgodzą się na podjęcie prac na podstawie kon­kretnych zleceń od firm polskich i niemieckich (ekspertyzy, produkcja drobnych części zamiennych). Próba udała się i nieco później, dokładnie na tych samych zasadach, utworzono kilkanaście dalszych zakładów na Uniwersytecie i Politechnice.

Zakład zapewniał pracę i bezpieczeństwo (wydając odpowiednie doku­menty) kilkudziesięciu osobom w okupowanej Warszawie, pracownikom Po­litechniki i ChIB oraz fikcyjnie zatrudnionym członkom Armii Krajowej. Oprócz normalnych zleceń wykonywano elementy uzbrojenia zamówione przez AK, a także niszczono, przez przetopienie, części elektryczne rakiet V-l i V-2 po zbadaniu ich przez prof. Janusza Groszkowskiego. Nie przyłączenie Zakładu do utworzonej przez Niemców w 1942 r. niemieckiej szkoły technicznej można uważać za próbę zaakcentowania polskości, za przejaw niepopierania ostatecznej likwidacji polskiej Politechniki i niepopierania dzia­łań Niemców w okupowanej Warszawie. Współpraca z AK, wydobywanie osób uwięzionych przez Niemców, pomoc dla getta żydowskiego w Warsza­wie, ratowanie zbiorów niszczonych muzeów, pomoc literatom i artystom -”polskim, ratowanie majątku Politechniki po Powstaniu Warszawskim -wszyst­ko to stanowiło naturalny rys działalności okupacyjnej Czochralskiego. Swą wyjątkową znajomość psychiki i języka Niemców uważał za obowiązek Po­laka zużytkować dla sprawy polskiej, mimo niebezpieczeństwa pozorów współpracy z okupantem, na jakie się narażał. I rzeczywiście. Już w czasie wojny kontrwywiad AK sprawdzał donosy na Czochralskiego, ale nie podjęto żadnych istotnych represji wobec Profesora (a przecież mogła być tylko jedna-wyrok śmierci!). W kwietniu 1945 r. aresztowano Profesora pod po­ważnym zarzutem „współpracy z niemieckimi władzami okupacyjnymi na szkodę osób spośród ludności cywilnej, względnie Państwa Polskiego”. W przeprowadzonym przez Specjalny Sąd Kamy w Łodzi dochodzeniu usta­lono, że brak jest podstaw do ścigania Czochralskiego i członków jego rodzi­ny. Jak później napisał prokurator: „działalność Czochralskiego w czasie okupacji nie miała w żadnym przypadku charakteru kolaboracji z okupantem i nie mogła być podciągnięta pod pojęcie zdrady narodu polskiego”. W sierp­niu śledztwo zostało umorzone z braku dowodów winy.